В Екомузея е представено съжителството на човека с природата, многообразието на животинските видове и защитените територии по поречието на река Дунав. Музеят вплита в своя разказ традиционния поминък на местните общности и отношението им към заобикалящата ги природа.
Експозицията на Екомузея е разположена на четири нива с обща площ над 2000 кв.м. На първия етаж на музея са обособени три зали. Две от тях са на темите „блатна екосистема“ и „палеонтология“. На приземния етаж е най-големият сладководен аквариум в България с общо 65 тона вода. В шест резервоара са показани риби – типични обитатели на река Дунав. На втория етаж е представена диорама, в която са вплетени звук, видео, фотография, скулптура и дерматопластика. На третия етаж е залата, която представя различни музейни колекции.
